L'élimination des nitrates peut être directement réalisée dans les nappes d'eau souterraine en utilisant les bactéries naturellement présentes dans le milieu souterrain. Le savoir faire développé s'appuie sur des connaissances pointues en chimie, microbiologie, hydrogéologie et modélisation mathématique. Il permet de stimuler et de contrôler l'action bénéfique des micro-organismes, et de maintenir le procédé dénitrifiant à son optimum.